Arrêts maladie en 2025 : ce qui change pour les salariés, les agents publics et les mutuelles santé

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L’année 2025 marque un tournant pour la gestion des arrêts maladie en France. Entre la réforme de l’indemnisation dans la fonction publique, l’arrivée d’un nouveau formulaire d’arrêt de travail et la perspective d’une limitation de la durée des arrêts, les salariés comme les employeurs doivent s’adapter à de nouvelles règles. Ces évolutions ont également un impact direct sur les mutuelles santé et les contrats de prévoyance, qui jouent un rôle essentiel en cas de perte de revenus.

Voici un décryptage complet des nouveautés concernant les arrêts maladie en 2025 et des conseils pour adapter sa couverture santé à ces changements.

Un nouveau formulaire d’arrêt de travail obligatoire à partir de septembre 2025

À compter du 1er septembre 2025, un nouveau modèle d’avis d’arrêt de travail (AAT) entre en vigueur. Ce formulaire devra être utilisé pour tout envoi papier d’un arrêt maladie.

Cette évolution vise à sécuriser la procédure et à lutter contre les fraudes, notamment la circulation de faux arrêts maladie sur internet. Le document comportera de nouveaux éléments d’identification et sera conçu pour limiter les falsifications.

Les arrêts de travail transmis par voie électronique via la télétransmission ne sont pas concernés par cette mesure. Pour les assurés, cela ne change rien au quotidien si leur médecin transmet déjà l’arrêt de manière dématérialisée. En revanche, en cas de document papier, il faudra veiller à utiliser le nouveau formulaire, sous peine de voir le dossier refusé par la caisse primaire d’assurance maladie (CPAM).

Cette réforme s’inscrit dans la volonté du gouvernement de moderniser et fiabiliser les arrêts maladie, tout en réduisant les dépenses liées à la fraude et aux erreurs administratives.

Baisse de l’indemnisation des arrêts maladie dans la fonction publique

Depuis le 1er mars 2025, les agents publics (fonctionnaires et contractuels) ne sont plus indemnisés à 100 % pendant les trois premiers mois d’un arrêt maladie. Désormais, le taux d’indemnisation est fixé à 90 % du traitement indiciaire.

Cette mesure, officialisée par décret, a pour objectif de rapprocher le régime des fonctionnaires de celui du secteur privé, où l’indemnisation est souvent inférieure à 100 % du salaire. Elle devrait permettre à l’État de réaliser plusieurs centaines de millions d’euros d’économies par an.

Pour les agents concernés, cette évolution représente une baisse de revenu temporaire en cas d’arrêt maladie prolongé. Il devient donc essentiel de vérifier les garanties de sa mutuelle santé ou de sa prévoyance afin de s’assurer d’un complément de revenu adéquat.

Les mutuelles de la fonction publique commencent déjà à proposer des formules renforcées pour compenser cette perte de rémunération, avec des options spécifiques « arrêt de travail » ou « maintien de salaire ».

Une limitation des arrêts de travail à 15 jours à l’étude

Autre sujet d’actualité : le projet de limitation du premier arrêt de travail à 15 jours maximum. Cette mesure, portée par le gouvernement dans le cadre du projet de loi de financement de la Sécurité sociale (PLFSS) pour 2026, vise à encadrer la durée initiale des arrêts maladie délivrés par les médecins généralistes.

L’objectif affiché est de réduire les abus et d’encourager un suivi médical plus régulier. Concrètement, un médecin ne pourrait plus prescrire un premier arrêt de plus de deux semaines sans nouvelle consultation de prolongation.

Cette proposition suscite de vives réactions du corps médical, qui estime qu’elle alourdirait la charge de travail des praticiens et pénaliserait les patients souffrant de pathologies nécessitant une récupération plus longue.

Si cette réforme est adoptée, elle pourrait impacter la gestion des arrêts maladie, notamment dans les entreprises où les absences longues sont déjà en hausse. Les mutuelles et assurances santé devront alors adapter leurs garanties pour couvrir au mieux les arrêts courts et les prolongations successives.

Des arrêts plus longs malgré une baisse globale de l’absentéisme

Selon les dernières données publiées en 2025, le taux d’absentéisme dans les entreprises françaises a légèrement diminué, passant de 4,9 % en 2023 à 4,84 % en 2024. Cependant, la durée moyenne des arrêts maladie a augmenté, atteignant 21,5 jours, contre 20,8 jours un an plus tôt.

Ce paradoxe s’explique par une évolution des causes d’arrêt. Les arrêts de courte durée sont en légère baisse, tandis que les arrêts longs, supérieurs à trois mois, sont en hausse constante. Les principales raisons évoquées sont les troubles psychiques (burn-out, anxiété, dépression) et les affections de longue durée (ALD).

Cette tendance pèse lourdement sur les comptes de l’Assurance maladie et sur les employeurs. Elle met aussi en lumière la nécessité de renforcer la prévention santé et les dispositifs d’accompagnement proposés par les mutuelles, notamment dans le domaine du bien-être mental.

Pourquoi ces changements ? Les enjeux économiques et sociaux

Les réformes annoncées en 2025 répondent à plusieurs enjeux :

Le déficit de la Sécurité sociale

Les dépenses liées aux arrêts maladie représentent plus de 15 milliards d’euros par an. Face à un déficit prévu à plusieurs milliards pour 2025, la Caisse nationale d’assurance maladie (CNAM) cherche à contenir ces coûts, notamment via un meilleur contrôle des prescriptions et des durées d’arrêt.

La lutte contre la fraude

L’année 2024 a été marquée par une recrudescence de fraudes, notamment la vente de faux arrêts maladie sur les réseaux sociaux. Le nouveau formulaire et la généralisation de la télétransmission visent à renforcer la traçabilité des documents et à limiter les abus.

La prévention des risques psychosociaux

Les arrêts longs pour motifs psychiques sont devenus la première cause d’absence longue durée. Le gouvernement souhaite encourager les entreprises à investir davantage dans la qualité de vie au travail (QVT) et la prévention des risques psychosociaux (RPS).

Quel impact pour les assurés et les mutuelles santé ?

Ces évolutions changent la donne pour les assurés comme pour les organismes complémentaires.

Pour les salariés

Les salariés du privé doivent s’assurer que leur contrat de mutuelle ou de prévoyance prévoit :

• des indemnités journalières complémentaires,
• un maintien de salaire après la période de carence,
• une couverture suffisante en cas d’arrêt long ou d’invalidité.

Comparer les offres permet de trouver une mutuelle capable de compenser efficacement la perte de revenus et de proposer des services d’accompagnement (téléconsultation, soutien psychologique, suivi de reprise du travail).

Pour les agents publics

Avec la réduction de l’indemnisation à 90 %, il devient indispensable de disposer d’une complémentaire adaptée. Certaines mutuelles spécialisées dans la fonction publique proposent désormais des options dédiées à la protection du revenu en cas d’arrêt maladie prolongé.

Pour les entreprises

Les employeurs doivent anticiper l’impact de ces réformes sur la gestion de l’absentéisme. En parallèle, la mise en conformité des contrats collectifs et la sensibilisation des salariés aux nouvelles règles deviennent essentielles.

Comment choisir la bonne mutuelle face aux nouveaux enjeux ?

Pour se protéger efficacement, il est recommandé de :

1. Comparer les offres selon votre statut (salarié, indépendant, fonctionnaire).
2. Vérifier les garanties liées à l’arrêt de travail : taux d’indemnisation, durée, plafond, délai de carence.
3. Privilégier les mutuelles proposant des services complémentaires : accompagnement psychologique, programmes de prévention, téléconsultation.
4. Anticiper les arrêts longs en optant pour une couverture incluant une indemnisation au-delà de 90 jours.

Un comparateur de mutuelles santé en ligne permet d’analyser rapidement les formules du marché et d’identifier celles offrant les meilleures garanties face aux nouvelles réalités de 2025.

Conclusion

L’année 2025 marque une évolution importante dans la gestion des arrêts maladie en France. Nouveau formulaire papier, baisse d’indemnisation dans la fonction publique, projet de limitation à 15 jours et allongement de la durée moyenne des arrêts : les assurés doivent s’adapter à un cadre en pleine mutation.

Ces changements rappellent l’importance de disposer d’une mutuelle santé et d’une prévoyance performantes, capables de maintenir le revenu et d’accompagner les assurés dans les périodes d’arrêt.

Face à ces évolutions, comparer les mutuelles n’est plus seulement un réflexe économique : c’est une démarche de sécurité et de prévoyance, essentielle pour affronter les imprévus de 2025.

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