Arrêt maladie : est-ce que la mutuelle complète les indemnités journalières ?

Article écrit par :
Camille Primard
Experte en Assurance Santé

Mis à jour le : 12 Mai 2026

Temps de lecture : 7 min.

Tomber malade ou être victime d’un accident nécessite de s’éloigner temporairement de son activité professionnelle. Si l’arrêt maladie est une protection légale permettant de se soigner, il soulève immédiatement une question cruciale : comment conserver son niveau de revenus ? En France, le système repose sur une superposition de garanties qui ne sont pas toujours automatiques.

Sur Mutuelle.fr, nous accompagnons les internautes pour décrypter ces mécanismes. Entre les versements de la Sécurité sociale, les obligations de l’employeur et le rôle des contrats de prévoyance, il est facile de s’y perdre. Ce guide complet analyse les modalités de complément de revenus lors d’un arrêt maladie en 2026.

prise en charge indemnités journalières par la mutuelle

Sommaire de l’article

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À savoir

Lors d’un arrêt maladie, l’Assurance Maladie ne vous verse que 50 % de votre salaire journalier de base, dans la limite d’un plafond mensuel. Ce manque à gagner peut mettre en péril votre équilibre financier. Contrairement à une idée reçue, ce n’est pas la mutuelle santé classique (qui rembourse les soins) mais le contrat de prévoyance qui assure le maintien de votre salaire. Il est donc crucial de vérifier si vous bénéficiez d’une garantie « Indemnités Journalières » (IJ) via votre entreprise ou un contrat individuel.

Le fonctionnement des indemnités journalières de la Sécurité sociale

Lorsqu’un médecin vous prescrit un arrêt maladie, vous cessez de percevoir votre salaire habituel. L’Assurance Maladie prend alors le relais sous certaines conditions de durée de cotisation.

Le calcul et le montant des IJSS

L’Indemnité Journalière de Sécurité Sociale (IJSS) est calculée sur la base de vos trois derniers salaires bruts. Elle s’élève à 50 % du salaire journalier de base, plafonné à 1,8 fois le SMIC en vigueur. En 2026, cela signifie que pour les hauts revenus, la perte sèche est immédiate et significative dès le début de l’arrêt.

Le délai de carence légal

Dans le secteur privé, un délai de carence de 3 jours s’applique systématiquement. Durant ces trois premiers jours d’arrêt maladie, la Sécurité sociale ne verse aucune indemnité. Seule une convention collective favorable ou un contrat de prévoyance spécifique peut couvrir cette période « blanche ». Notez que pour les affections de longue durée (ALD), le délai de carence n’est prélevé qu’une seule fois sur une période de trois ans.

Le rôle de l’employeur : le maintien de salaire légal

La loi impose aux employeurs de compléter les revenus de leurs salariés en arrêt maladie, sous réserve d’une certaine ancienneté (généralement un an dans l’entreprise).

Ce complément, appelé « maintien de salaire », doit permettre d’atteindre 90 % de la rémunération brute pendant les 30 premiers jours, puis les deux tiers pendant les 30 jours suivants. Cependant, les modalités peuvent varier considérablement selon les conventions collectives de branche (SYNTEC, BTP, Immobilier, etc.), certaines prévoyant un maintien à 100 % dès le premier jour. L’employeur pratique alors souvent la subrogation : il perçoit directement les IJSS et vous verse l’intégralité de votre paye habituelle.

Mutuelle santé vs Prévoyance : qui complète réellement ?

C’est ici qu’une confusion fréquente survient chez les assurés. Il est impératif de distinguer deux types de contrats bien différents pour comprendre qui intervient lors d’un arrêt maladie.

La mutuelle santé (complémentaire santé)

La fonction primaire de la mutuelle santé est de rembourser vos dépenses de soins (consultations, pharmacie, hospitalisation). Elle intervient pour payer le ticket modérateur laissé par la Sécurité sociale. En revanche, une mutuelle santé classique ne complète jamais votre perte de salaire. Si vous avez un contrat « santé » pur, celui-ci ne vous versera pas d’argent supplémentaire pour compenser vos revenus manquants.

Le contrat de prévoyance

Le complément des indemnités journalières est la mission du contrat de prévoyance. En entreprise, la loi prévoit qu’une partie de la prévoyance doit être financée par l’employeur pour les cadres. Pour les non-cadres, cela dépend des accords d’entreprise. Ce contrat intervient pour verser des indemnités journalières complémentaires qui s’ajoutent à celles de la Sécurité sociale. L’objectif est de garantir, selon le contrat, entre 80 % et 100 % du salaire net.

Prévoyance collective : Souscrite par l’employeur, elle est souvent obligatoire pour le salarié.
Prévoyance individuelle : Indispensable pour les travailleurs indépendants (TNS), les auto-entrepreneurs ou les salariés souhaitant renforcer leur protection.

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Les cas spécifiques : Indépendants, Fonctionnaires et ALD

Le niveau de protection durant un arrêt maladie varie selon votre statut professionnel et la nature de votre pathologie.

Les travailleurs non-salariés (TNS)

Pour un artisan, un commerçant ou une profession libérale, l’arrêt maladie est souvent synonyme de revenus nuls. Depuis 2021, un régime d’IJ commun a été mis en place pour les libéraux, mais le montant reste souvent insuffisant pour couvrir les charges fixes de l’entreprise. Souscrire un contrat de prévoyance « loi Madelin » est essentiel pour ces profils, car il permet de déduire les cotisations de l’impôt sur le revenu tout en sécurisant le foyer.

Les agents de la fonction publique

Le régime des fonctionnaires est spécifique. Lors d’un arrêt maladie ordinaire, ils bénéficient généralement du « plein traitement » pendant 3 mois, puis du « demi-traitement » pendant les 9 mois suivants. En 2026, la mise en place de la Protection Sociale Complémentaire (PSC) obligatoire dans la fonction publique d’État modifie ces règles, avec une meilleure prise en charge des complémentaires pour compenser le passage au demi-traitement.

L’Affection de Longue Durée (ALD)

Si votre arrêt maladie est lié à une ALD, les indemnités journalières peuvent être versées pendant une période maximale de 3 ans. Le calcul reste le même, mais la continuité du versement sans nouveau délai de carence permet une meilleure stabilité financière pour lutter contre la maladie.

Pourquoi comparer les contrats de prévoyance sur Mutuelle.fr ?

Puisque la mutuelle santé ne suffit pas à protéger vos revenus, il est vital d’analyser vos garanties de prévoyance. Sur Mutuelle.fr, nous vous permettons d’évaluer si votre protection actuelle est suffisante.

Lors de votre comparaison, soyez attentifs à trois points :

Le délai de franchise : C’est le nombre de jours d’arrêt maladie avant que la prévoyance ne commence à payer (souvent 15, 30 ou 90 jours pour les contrats individuels).
La durée d’indemnisation : Le contrat vous couvre-t-il pendant 1 an, 3 ans, ou jusqu’à la retraite en cas d’invalidité ?
Le montant des garanties : Le contrat est-il forfaitaire (somme fixe) ou indemnitaire (limité à votre perte de salaire réelle) ?

En conclusion, si la mutuelle santé est indispensable pour vos frais médicaux, seul un contrat de prévoyance solide peut compléter vos indemnités journalières lors d’un arrêt maladie. Anticiper cette situation en comparant les offres sur Mutuelle.fr est la meilleure stratégie pour protéger votre pouvoir d’achat et celui de votre famille face aux aléas de la vie.

À retenir

Sécurité sociale : Elle ne verse que 50 % du salaire journalier avec un plafond et 3 jours de carence.
Employeur : Il complète souvent le salaire selon l’ancienneté et la convention collective.
Confusion à éviter : La mutuelle santé rembourse les soins, la prévoyance rembourse la perte de revenus.
TNS : Les indépendants sont les plus vulnérables et doivent privilégier un contrat de prévoyance individuel.
Action : Vérifiez vos bulletins de paie pour voir si une ligne « Prévoyance » apparaît et consultez le tableau de garanties associé.

Sources de l’article : « Arrêt maladie : est-ce que la mutuelle complète les indemnités journalières ? »
https://sante.gouv.fr/
https://www.ameli.fr/

Questions fréquentes sur l’arrêt maladie

Ma mutuelle santé peut-elle me verser une prime en cas d’arrêt maladie ?

Certaines mutuelles santé incluent dans leurs contrats « haut de gamme » une option « forfait hospitalisation » ou une petite indemnité forfaitaire en cas d’immobilisation. Cependant, cela reste marginal et très éloigné d’un vrai maintien de salaire. Ce n’est pas un complément automatique des IJSS, mais plutôt un service d’assistance. Pour un vrai remplacement de revenu, il faut se tourner vers un contrat de prévoyance.

Que se passe-t-il si mon arrêt maladie dure plus de 6 mois ?

Au-delà de 6 mois, l’arrêt maladie est considéré comme de longue durée. Pour continuer à percevoir les IJSS, vous devez justifier d’une durée d’affiliation minimale (12 mois) et d’un nombre d’heures travaillées suffisant. C’est souvent à ce moment que la prévoyance collective ou individuelle devient vitale, car le maintien de salaire par l’employeur s’arrête ou diminue drastiquement après 90 jours.

Le délai de carence est-il toujours appliqué par la mutuelle ou la prévoyance ?

La prévoyance applique ses propres « franchises ». Par exemple, une prévoyance peut intervenir dès le 4ème jour (prenant le relais de la Sécu) ou seulement après le 30ème jour. Si votre contrat de prévoyance a une franchise de 30 jours, vous aurez un trou financier entre le 4ème et le 30ème jour si votre employeur ne complète pas. C’est un point clé à vérifier lors de votre simulation sur Mutuelle.fr.

Les indemnités journalières complémentaires sont-elles imposables ?

Les IJSS versées par la Sécurité sociale sont imposables. Pour le complément versé par la prévoyance : s’il s’agit d’un contrat collectif obligatoire d’entreprise, les indemnités sont soumises à l’impôt sur le revenu. S’il s’agit d’un contrat individuel que vous avez payé avec vos propres revenus (non Madelin), les indemnités sont généralement exonérées d’impôt.

Puis-je souscrire une prévoyance alors que je suis déjà en arrêt maladie ?

Non. Comme pour tout contrat d’assurance, on ne peut pas s’assurer contre un risque déjà réalisé. Si vous êtes déjà en arrêt maladie, le nouveau contrat de prévoyance ne couvrira pas l’arrêt en cours ni ses suites. Il y a souvent un questionnaire de santé à remplir lors de la souscription, d’où l’importance de s’équiper quand on est en bonne santé.

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