Arrêt maladie : qui complète les indemnités journalières, si ce n’est pas la mutuelle ?

Article écrit par :
Camille Primard
Experte en Assurance Santé

Mis à jour le : 6 nov. 2026

Temps de lecture : 7 min.

Non, une mutuelle santé ne complète pas les indemnités journalières versées pendant un arrêt maladie : elle rembourse des frais de soins, pas une perte de revenus. Le complément de salaire vient de l’employeur, qui doit maintenir une partie de la rémunération sous conditions, et d’un éventuel contrat de prévoyance. Voici comment se calculent les indemnités de l’Assurance Maladie en 2026 et ce que chacun verse.

En résumé :

L’Assurance Maladie verse, à partir du 4e jour d’arrêt, 50 % du salaire journalier de base, dans la limite de 42,97 € bruts par jour pour les arrêts prescrits depuis juillet 2026. L’employeur complète jusqu’à 90 % puis 66,66 % du salaire brut à partir du 8e jour, pour les salariés ayant 1 an d’ancienneté, sauf accord plus favorable. Une prévoyance collective ou individuelle peut aller au-delà. La mutuelle santé, elle, continue de rembourser les soins.

Mutuelle, employeur, prévoyance : qui verse quoi pendant un arrêt maladie ?

Le revenu d’un salarié en arrêt maladie repose sur trois niveaux successifs, qui ne relèvent ni des mêmes organismes ni des mêmes contrats :

Sources : Assurance Maladie (mise à jour du 1er septembre 2026) et Service-Public.fr (vérifiée le 1er juin 2026). Une convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir mieux.

Indemnités journalières de la Sécurité sociale : calcul et conditions en 2026

L’indemnité journalière est égale à 50 % du salaire journalier de base, calculé à partir des salaires bruts des 3 mois précédant l’arrêt. Le salaire n’est retenu que dans la limite de 1,4 fois le Smic mensuel, soit 2 613,83 € depuis juillet 2026 : l’indemnité ne peut donc pas dépasser 42,97 € bruts par jour pour un arrêt prescrit à partir de juillet 2026 (41,95 € en juin 2026). Elle est versée après un délai de carence de 3 jours, appliqué à chaque arrêt, sauf en cas d’affection de longue durée où il ne s’applique qu’au premier arrêt sur 3 ans.

Pour y avoir droit, il faut avoir travaillé au moins 150 heures au cours des 3 mois précédents, ou cotisé sur au moins 1 015 fois le Smic horaire au cours des 6 mois précédents. Pour un arrêt de plus de 6 mois, les seuils passent à 600 heures ou 2 030 fois le Smic horaire sur 12 mois. Les IJ sont versées pendant 360 jours au plus sur 3 ans, ou 3 ans en cas d’affection de longue durée. L’arrêt doit être envoyé à la caisse et à l’employeur dans les 48 heures.

Le maintien de salaire par l’employeur

Le Code du travail oblige l’employeur à compléter les IJ d’un salarié qui a au moins 1 an d’ancienneté, qui a transmis son arrêt dans les 48 heures et qui est soigné en France ou dans l’Espace économique européen. Les travailleurs à domicile, saisonniers, intermittents et temporaires en sont exclus. Le complément est versé à partir du 8e jour d’arrêt, pour atteindre 90 % de la rémunération brute, puis 66,66 %. Sa durée dépend de l’ancienneté :

Source : Service-Public.fr, fiche vérifiée le 1er juin 2026. Les jours déjà indemnisés par l’employeur au cours des 12 mois précédents sont déduits.

Beaucoup de conventions collectives et d’accords d’entreprise sont plus favorables : maintien dès le premier jour, carence de 3 jours couverte, taux plus élevé. Lorsque l’employeur maintient le salaire, il perçoit souvent directement les IJ à la place du salarié : c’est la subrogation.

Exemple : un salarié gagne 2 400 € bruts par mois et compte 3 ans d’ancienneté, sans accord plus favorable. Son salaire journalier de base est d’environ 78,90 € (7 200 € sur 3 mois, divisés par 91,25), soit une IJ de 39,45 € bruts par jour. Pour un arrêt de 15 jours, il ne perçoit rien de la Sécurité sociale du 1er au 3e jour, puis 39,45 € par jour. Du 4e au 7e jour, l’IJ est son seul revenu. À partir du 8e jour, l’employeur complète jusqu’à 90 % de son salaire brut. Une prévoyance d’entreprise peut couvrir les jours de carence si son contrat le prévoit.

Contrat de prévoyance : ce qu’il faut vérifier

La prévoyance prend le relais lorsque le maintien de salaire s’arrête ou complète au-delà de ce qu’il garantit. En entreprise, elle est souvent collective et obligatoire, en particulier pour les cadres ; elle est mise en place à côté de la mutuelle d’entreprise, par un contrat distinct. Un salarié peut aussi souscrire un contrat individuel. Avant de compter sur une prévoyance, quatre points de la notice sont à lire :

• la franchise, c’est-à-dire le nombre de jours d’arrêt avant le premier versement, souvent de 3 à 90 jours selon les contrats ;
• le niveau d’indemnisation, exprimé en pourcentage du salaire brut ou net, ou en montant forfaitaire par jour ;
• la durée de versement, jusqu’à la reprise, jusqu’à la fin des IJ, ou au-delà en cas d’invalidité ;
• les exclusions, notamment pour les affections antérieures à la souscription d’un contrat individuel.

Indépendants et fonctionnaires : des règles différentes

Travailleurs indépendants

Les artisans, commerçants et professions libérales ont droit à des indemnités journalières de l’Assurance Maladie, calculées sur leurs revenus déclarés, mais aucun employeur ne vient compléter. Le contrat de prévoyance individuel est donc le seul moyen de maintenir un revenu proche de l’habituel ; ses cotisations peuvent, sous conditions, être déduites du bénéfice imposable dans le cadre de la loi Madelin.

Agents de la fonction publique

Un fonctionnaire titulaire en congé de maladie ne perçoit pas d’IJ de la Sécurité sociale : son administration continue de lui verser tout ou partie de son traitement, selon des règles propres à la fonction publique et à la durée du congé. Le service des ressources humaines et la notice de la protection sociale complémentaire de l’employeur public indiquent le niveau maintenu.

Dans tous les cas, la mutuelle santé reste utile pendant l’arrêt pour les soins eux-mêmes ; la différence entre mutuelle et complémentaire santé tient au statut de l’organisme, pas à cette fonction.

« Quand on cherche si sa mutuelle complète ses indemnités, la réponse est presque toujours dans un autre document : la notice de prévoyance de l’entreprise ou la convention collective. Le bulletin de paie donne un premier indice, avec une ligne de cotisation prévoyance distincte de la ligne frais de santé. »

Gaëlle Revenu-Prunayre
Directrice générale de Mutuelle.fr

Questions fréquentes sur l’arrêt maladie